Hệ thống nội dung quy định tại Thông tư số 06/2021/TT-BTC và một số lưu ý trong quá trình thực hiện

Ngày 22 tháng 01 năm 2021, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 06/2021/TT-BTC Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 13 tháng 6 năm 2019 về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 08 tháng 03 năm 2021. Thông tư số 06/2021/TT-BTC (gọi tắt là Thông tư) đã hướng dẫn thi hành 20 điều, khoản, điểm của Luật Quản lý thuế và 3 nội dung quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 (khoản 1, khoản 4 Điều 7, điểm c khoản 4 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP). Việc ban hành Thông tư đã đảm bảo cơ sở pháp lý để thực hiện thống nhất các nội dung mà Luật Quản lý thuế giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định. Ngoài một số nội dung được quy định mới tại Thông tư, những nội dung còn lại được kế thừa những quy định hiện hành còn giá trị thực hiện (được quy định theo hướng dẫn chiếu thực hiện theo quy định tại các thông tư, nghị định có liên quan: Thông tư số 38/2015/TT-BTC, Thông tư số 39/2018/TT-BTC, Nghị định số 08/2015/NĐ-CP, Nghị định số 59/2018/NĐ-CP, ...).

Để giúp cộng đồng doanh nghiệp nắm bắt và thực hiện đầy đủ các hướng dẫn tại Thông tư, bài viết hệ thống những nội dung quy định tại Thông tư, trong đó có so sánh, đối chiếu những nội dung mới so với quy định hiện hành và một số lưu ý trong quá trình thực hiện.

I. Những nội dung mới

1. Hồ sơ, thủ tục về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế (Điều 5)

Điều 5 Thông tư quy định hồ sơ, thủ tục về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế, đối tượng miễn thuế, đối tượng giảm thuế, đối tượng hoàn thuế, đối tượng không thu thuế. Cụ thể:

- Hồ sơ, thủ tục về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế thực hiện theo quy định tại khoản 5, khoản 7 đến khoản 11, khoản 14 đến khoản 22 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

- Hồ sơ về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 14 Thông tư. Thủ tục miễn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ. Thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế đối với các trường hợp phải thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 4, khoản 5, khoản 6, khoản 7 Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Thủ tục miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 4 Điều 20 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (trường hợp người nộp thuế đề nghị miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan) hoặc điểm b khoản 4 Điều 20 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (trường hợp người nộp thuế đề nghị miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan).

- Hồ sơ về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng giảm thuế thực hiện theo quy định tại Điều 15 Thông tư. Thủ tục giảm thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 32 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

- Hồ sơ, thủ tục về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 12 Thông tư.

- Hồ sơ, thủ tục về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư.

2. Về thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa phải phân tích, giám định để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp; hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan; hàng hóa có khoản thực thanh toán, hàng hóa có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan (Điều 7)

Theo quy định tại Điều 7, nguyên tắc chung là người nộp thuế phải tạm nộp thuế theo khai báo (mã số khai báo/giá khai báo) trước khi thông quan hoặc giải phóng hàngnộp bổ sung số tiền thuế chênh lệch tăng thêm (nếu có) trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu khai bổ sung của cơ quan hải quan (đối với trường hợp hàng hóa phải phân tích, giám định để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp) hoặc kể từ thời điểm có giá chính thức (đối với trường hợp hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan) hoặc thời điểm người nhập khẩu xác định được khoản thực thanh toán, khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan (đối với trường hợp chưa xác định được khoản thực thanh toán, các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan).

3. Về thủ tục xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế (Điều 9)

a) Trách nhiệm của người nộp thuế:

Người nộp thuế tự xác định số tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 59 Luật Quản lý thuế và nộp vào ngân sách nhà nước.

b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:

- Trường hợp sau 30 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, người nộp thuế chưa nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt hoặc đã nộp nhưng số tiền tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thiếu thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, số ngày chậm nộp qua Hệ thống theo Mẫu số 1 Phụ lục II hoặc bản giấy theo Mẫu số 01/TXNK Phụ lục I Thông tư.

Trường hợp số tiền chậm nộp đã nộp lớn hơn số tiền chậm nộp phải nộp, cơ quan hải quan xử lý số tiền chậm nộp nộp thừa theo quy định.

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số tiền thuế phải nộp giảm, cơ quan hải quan điều chỉnh số tiền chậm nộp đã tính tương ứng với số tiền chênh lệch giảm.

4. Về hồ sơ gia hạn nộp thuế (Điều 11)

Hồ sơ gia hạn nộp thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 64 Luật Quản lý thuế, bao gồm:

a) Công văn đề nghị gia hạn nộp tiền thuế theo Mẫu số 02/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư: 01 bản chính;

b) Tài liệu gửi kèm công văn đề nghị gia hạn nộp tiền thuế theo từng trường hợp được gia hạn quy định tại khoản 1 Điều 62 Luật Quản lý thuế:

b.1) Trường hợp gia hạn quy định tại điểm a khoản 1 Điều 62 Luật Quản lý thuế (bị thiệt hại vật chất, gây ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh do gặp trường hợp bất khả kháng):

- Văn bản, biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại của cơ quan chức năng tại địa bàn nơi phát sinh thiệt hại:

+ Văn bản xác nhận của một trong các cơ quan, tổ chức sau: Cơ quan Công an xã, phường, thị trấn; Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn; Ban quản lý Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu kinh tế, Ban quản lý cửa khẩu, Cảng vụ hàng không, Cảng vụ hàng hải nơi xảy ra sự kiện bất khả kháng về việc thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, tai nạn bất ngờ gây thiệt hại vật chất, ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh: 01 bản chính;

+ Biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy của địa phương nơi xảy ra vụ cháy: 01 bản chính.

- Các chứng từ, tài liệu chứng minh nguyên nhân gặp khó khăn bất khả kháng (do chiến tranh, bạo loạn, đình công phải ngừng, nghỉ sản xuất, kinh doanh hoặc rủi ro không thuộc nguyên nhân, trách nhiệm chủ quan của người nộp thuế quy định tại khoản 1 Điều 3 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP) dẫn đến không có khả năng nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đúng hạn: 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị gia hạn nộp thuế;

- Hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm (nếu có), trường hợp hợp đồng bảo hiểm không bao gồm nội dung bồi thường về thuế phải có xác nhận của tổ chức bảo hiểm; hợp đồng hoặc biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra (nếu có): 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị gia hạn nộp thuế.

b.2) Trường hợp gia hạn quy định tại điểm b khoản 1 Điều 62 Luật Quản lý thuế (ngừng hoạt động do di dời cơ sở sản xuất, kinh doanh theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền làm ảnh hưởng đến kết quả sản xuất, kinh doanh):

- Quyết định thu hồi địa điểm sản xuất, kinh doanh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với địa điểm sản xuất cũ của doanh nghiệp (trừ trường hợp di dời địa điểm sản xuất kinh doanh theo mục đích yêu cầu của doanh nghiệp): 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị gia hạn nộp thuế;

- Văn bản xác nhận của chính quyền địa phương về việc doanh nghiệp phải ngừng sản xuất kinh doanh do di chuyển địa điểm: 01 bản chính;

- Tài liệu chứng minh mức độ thiệt hại trực tiếp do phải di chuyển địa điểm kinh doanh. Giá trị thiệt hại được xác định trên giá trị còn lại của hàng hóa bị thiệt hại. Giá trị còn lại của hàng hóa bị thiệt hại được xác định căn cứ vào hồ sơ, chứng từ và các quy định của pháp luật có liên quan trực tiếp để xác định: Nhà xưởng, kho, máy móc, trang thiết bị bị phá dỡ không thu hồi được vốn (nguyên giá sau khi trừ chi phí đã khấu hao), chi phí tháo dỡ trang thiết bị, nhà xưởng ở cơ sở cũ, chi phí vận chuyển lắp đặt ở cơ sở mới (sau khi trừ đi chi phí thu hồi), chi phí trả lương cho người lao động do ngừng làm việc (nếu có). Trường hợp phức tạp liên quan đến chuyên ngành kinh tế kỹ thuật phải có văn bản xác nhận của cơ quan chuyên môn: 01 bản chính.

5. Về trình tự, thủ tục hoàn thuế (Điều 12)

a) Nộp, tiếp nhận, phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế:

Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (gọi tắt là Hệ thống) hoặc hồ sơ hoàn thuế bản giấy đến cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn.

Hồ sơ hoàn thuế gồm công văn đề nghị hoàn thuế theo Mẫu số 2 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, đối với hồ sơ hoàn thuế điện tử (hiện hành thực hiện theo Mẫu số 01 Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC) hoặc Mẫu số 03/TXNK Phụ lục I Thông tư, đối với hồ sơ hoàn thuế bản giấy (hiện hành thực hiện theo Mẫu số 09 Phụ lục VII ban hành kèm Nghị định số 134/2016/NĐ-CP) và các chứng từ có liên quan theo từng trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36, Điều 37 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Việc tiếp nhận, phản hồi hồ sơ đề nghị hoàn thuế được thực hiện tự động thông qua Hệ thống. Trường hợp nộp hồ sơ bản giấy, cơ quan hải quan đóng dấu tiếp nhận, vào sổ tiếp nhận, xử lý hồ sơ giấy.

Lưu ý: Cơ quan hải quan đã triển khai Hệ thống miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa điện tử từ ngày 23/11/2020 trên phạm vi toàn quốc.

b) Phân loại hồ sơ hoàn thuế và thông báo cho người nộp thuế:

- Hồ sơ hoàn thuế được phân loại thành hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 22 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước là hồ sơ không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận/không tiếp nhận hồ sơ, lý do không tiếp nhận hồ sơ; trường hợp tiếp nhận hồ sơ thì thông báo kết quả phân loại hồ sơ (“Hoàn thuế trước, kiểm tra sau” hay “Kiểm tra trước, hoàn thuế sau”) và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thông qua Hệ thống (Mẫu số 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, đối với hồ sơ hoàn thuế điện tử) hoặc bằng văn bản giấy (Mẫu số 04/TXNK Phụ lục I Thông tư, đối với hồ sơ hoàn thuế bản giấy).

Trường hợp cần giải trình, bổ sung, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, trường hợp hồ sơ hoàn thuế bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư.

c) Thủ tục hoàn thuế:

c.1) Trường hợp hoàn thuế trước (hoàn thuế trước, kiểm tra sau):

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền hoàn thuế thực hiện kiểm tra các thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với thông tin trên Hệ thống để xác định điều kiện hoàn thuế, số tiền thuế phải hoàn.

- Trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế thì ban hành quyết định hoàn thuế theo Mẫu số 13/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư, gửi bản scan quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có) thông qua Hệ thống, gửi bản chính quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có).

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm), người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn của một tờ khai hải quan bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đã nộp theo quyết định ấn định thuế (cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu và cơ quan hải quan ấn định thuế là hai đơn vị khác nhau), việc hoàn thuế được thực hiện như sau:

+ Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu khi kiểm tra các thông tin trong hồ sơ hoàn thuế cần xác định riêng về số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế theo tờ khai hải quan và số tiền thuế được hoàn theo quyết định ấn định thuế; thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế theo tờ khai hải quan; làm văn bản (ghi rõ tên doanh nghiệp, địa chỉ, mã số thuế, loại thuế, số tiền thuế đề nghị hoàn theo quyết định ấn định thuế, lý do hoàn thuế) gửi cho cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế để xử lý hoàn thuế theo quy định.

+ Cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế kiểm tra lại hồ sơ đề nghị hoàn thuế, đối chiếu với hồ sơ đã thực hiện ấn định thuế và các chứng từ, tài liệu có liên quan để ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế được hoàn theo quyết định ấn định thuế nếu các thông tin đầy đủ, phù hợp; thực hiện hoàn tiền thuế cho doanh nghiệp theo quy định. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế gửi 01 bản chụp quyết định hoàn thuế cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu để lưu hồ sơ hoàn thuế.

- Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ các thông tin để ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc bổ sung các thông tin cần thiết thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư.

Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế nhưng không chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng, cơ quan hải quan thông báo qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II hoặc bản giấy theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I Thông tư cho người nộp thuế về việc chuyển hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước sang diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế.

- Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo lý do không hoàn thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 5 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư.

- Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 75 Luật Quản lý thuế (chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế).

c.2) Trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế (kiểm tra trước, hoàn thuế sau):

- Trình tự kiểm tra:

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế (khoản 4 Điều 129 được quy định tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC quy định 05 ngày), Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế phải ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Mẫu số 07/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký (hiện hành quy định 02 ngày).

Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định kiểm tra (hiện hành quy định thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày gửi quyết định), cơ quan hải quan phải tiến hành kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế. Thời gian kiểm tra không quá 05 ngày làm việc. Trước khi tiến hành kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra phải công bố quyết định kiểm tra, lập biên bản công bố quyết định kiểm tra (Mẫu số 08/TXNK Phụ lục I Thông tư) với đại diện có thẩm quyền của người nộp thuế.

Trường hợp hồ sơ hoàn thuế phức tạp không thể kết thúc kiểm tra trong thời hạn 05 ngày làm việc thì thời hạn gia hạn kiểm tra không quá 05 ngày làm việc (trưởng đoàn kiểm tra báo cáo bằng văn bản với người đã ký quyết định kiểm tra để ban hành quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra theo Mẫu số 09/TXNK Phụ lục I Thông tư). Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện công bố Quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra, lập biên bản công bố quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra.

- Nội dung kiểm tra:

+ Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán, phiếu xuất kho, nhập kho; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã thu trên Hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan, thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với các thông tin trên Hệ thống liên quan đến tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn.

+ Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất) cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khấu hao, cách tính tỷ lệ khấu hao.

+ Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm), cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sự phù hợp giữa định mức người nộp thuế phản ánh trong báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư đề nghị hoàn thuế nhập khẩu Mẫu số 10 Phụ lục VII ban hành kèm theo Nghị định số 134/2016/NĐ-CP với định mức thực tế sản xuất, sổ sách, chứng từ kế toán, tài liệu kỹ thuật trong quá trình sản xuất có liên quan đến nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đề nghị hoàn thuế.

Trường hợp kiểm tra lần đầu hoặc chưa có kết luận kiểm tra cơ sở sản xuất, cơ quan hải quan phải kiểm tra cơ sở sản xuất, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất.

+ Kiểm tra các chứng từ, tài liệu, dữ liệu khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại khoản 6 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

+ Kết thúc việc kiểm tra, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế được hoàn theo từng loại thuế, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn, lý do không đủ điều kiện hoàn.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo tờ khai hải quan và số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo quyết định ấn định thuế.

+ Lập biên bản kiểm tra theo Mẫu số 10/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

+ Lập dự thảo kết luận kiểm tra (Mẫu số 11/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư) và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày lập biên bản kiểm tra hoặc gửi bằng fax hoặc thư bảo đảm hoặc giao trực tiếp cho người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế không thống nhất với dự thảo kết luận kiểm tra của cơ quan hải quan, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được dự thảo kết luận kiểm tra (hiện hành quy định 05 ngày), người nộp thuế phải giải trình với cơ quan hải quan thông qua Hệ thống hoặc giải trình bằng văn bản hoặc giải trình trực tiếp với cơ quan hải quan. Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp, cơ quan hải quan lập biên bản làm việc theo Mẫu số 12/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư (hiện hành quy định giải trình bằng văn bản, không quy định giải trình trực tiếp).

+ Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế hết thời hạn giải trình (hiện hành quy định 05 ngày), thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành quyết định kiểm tra thực hiện ban hành kết luận kiểm tra.

Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo lý do không hoàn thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 5 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư.

- Ban hành quyết định hoàn thuế:

Chi cục trưởng Chi cục Hải quan ban hành quyết định hoàn thuế theo Mẫu số 13/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư, gửi bản scan quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có) thông qua Hệ thống, gửi bản chính quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có). Thời hạn ban hành quyết định hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 75 Luật Quản lý thuế (chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế).

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn của một tờ khai hải quan bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đã nộp theo quyết định ấn định thuế (cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu và cơ quan hải quan ấn định thuế là hai đơn vị khác nhau), việc ban hành quyết định hoàn thuế thực hiện như sau:

+ Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo tờ khai hải quan; làm văn bản (ghi rõ tên doanh nghiệp, địa chỉ, mã số thuế, loại thuế, số tiền thuế đề nghị hoàn theo quyết định ấn định thuế, lý do hoàn thuế) gửi cho cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế để xử lý hoàn thuế theo quy định.

+ Cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế kiểm tra lại hồ sơ đề nghị hoàn thuế, đối chiếu với hồ sơ đã thực hiện ấn định thuế và các chứng từ, tài liệu có liên quan để ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo quyết định ấn định thuế nếu các thông tin đầy đủ, phù hợp; thực hiện hoàn tiền thuế cho doanh nghiệp theo quy định. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế gửi 01 bản chụp Quyết định hoàn thuế cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu để lưu hồ sơ hoàn thuế.

d) Thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước:

Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn ban hành Quyết định thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 77  Luật Quản lý thuế.

6. Về thủ tục không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Điều 13)

Trước đây thủ tục này được quy định chung với thủ tục hoàn thuế tại Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 63 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC. Hiện nay thủ tục không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được quy định cụ thể tại Điều 13 Thông tư như sau:

a) Trách nhiệm của người nộp thuế:

- Kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực và chịu trách nhiệm đối với nội dung kê khai trên hồ sơ đề nghị không thu thuế, gửi hồ sơ điện tử qua Hệ thống hoặc hồ sơ bản giấy đến cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị không thu thuế.

Hồ sơ không thu thuế gồm: công văn đề nghị không thu thuế theo Mẫu số 6 Phụ lục II Thông tư (đối với hồ sơ điện tử) hoặc bản giấy theo Mẫu số 14/TXNK Phụ lục I Thông tư; các chứng từ theo quy định đối với từng trường hợp không thu thuế tại Điều 33, Điều 34 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, được hướng dẫn tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều 13 Thông tư.

- Giải trình, bổ sung thông tin đúng hạn cho cơ quan hải quan.

- Chấp hành các quyết định xử lý về thuế của cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:

b.1) Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị không thu thuế thực hiện tiếp nhận và xử lý hồ sơ thông qua Hệ thống. Trường hợp tiếp nhận hồ sơ bản giấy, cơ quan hải quan đóng dấu tiếp nhận, vào sổ theo dõi.

b.2) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ đề nghị không thu thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 3 Phụ lục II (hiện hành thực hiện theo Mẫu số 02 Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 39/2018/TT-BTC), trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 04/TXNK Phụ lục I Thông tư.

Trường hợp cần giải trình, bổ sung, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư.

b.3) Trình tự, thủ tục không thu thuế:

- Trường hợp 1: Tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế tại thời điểm làm thủ tục hải quan.

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế người nộp thuế đề nghị không thu thuế (nơi hàng hóa tái nhập, tái xuất) thực hiện kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa (trừ doanh nghiệp ưu tiên) nếu có đủ cơ sở xác định hàng hóa tái nhập là hàng hóa đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa tái xuất là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây thì ban hành quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất trong thời hạn làm thủ tục hải quan. Thời hạn làm thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan.

- Trường hợp 2: Tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn nhưng người nộp thuế đã nộp thuế đối với tờ khai tái nhập, tái xuất và nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế sau khi hàng hóa tái nhập, tái xuất đã được thông quan.

Thực hiện tương tự như trường hợp 1. Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 10 Thông tư.

- Trường hợp 3: Tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn.

Cơ quan hải quan nơi hàng hóa tái nhập, tái xuất (nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị không thu thuế) tiếp nhận, làm thủ tục không thu thuế hàng hóa tái nhập, tái xuất sau khi hoàn thành thủ tục hoàn thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu (trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu).

Trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất không cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa tái nhập, tái xuất ban hành quyết định không thu thuế lô hàng tái nhập hoặc tái xuất sau khi cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế xuất khẩu, nhập khẩu người nộp thuế đề nghị hoàn đã xác định đủ điều kiện hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu lần đầu. Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 10 Thông tư.

7. Về hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu; các trường hợp người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được miễn và các trường hợp cơ quan hải quan xác định số tiền thuế được miễn (Điều 14)

a) Về hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu:

Hiện tại hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu được quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (từ Điều 5 đến Điều 29). Tuy nhiên, căn cứ quy định tại khoản 4 Điều 80 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết hồ sơ miễn thuế. Do đó, kể từ khi Thông tư có hiệu lực thi hành (ngày 08/3/2021) thì hồ sơ miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 14 Thông tư, không áp dụng theo quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Về cơ bản, hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại Điều 14 Thông tư được dẫn chiếu thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, trừ 05 trường hợp sau đây thực hiện theo quy định cụ thể tại Thông tư (không áp dụng theo quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP):

- Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế: thực hiện theo điểm a, điểm b, điểm c.1 khoản 1 Điều 14.

- Hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải: thực hiện theo điểm a, điểm b, điểm c.2 khoản 1 Điều 14.

- Hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo máy móc, thiết bị hoặc để chế tạo linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng của máy móc, thiết bị: thực hiện theo điểm a, điểm b, điểm c.3 khoản 1 Điều 14.

- Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới: thực hiện theo điểm a, điểm b, điểm c.4 khoản 1 Điều 14.

- Hàng hóa nhập khẩu miễn thuế phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng: thực hiện theo khoản 2 Điều 14 (quy định hồ sơ miễn thuế theo 2 trường hợp: trường hợp đề nghị miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan và trường hợp đề nghị miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan).

b) Các trường hợp cơ quan hải quan xác định số tiền thuế được miễn và các trường hợp người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được miễn:

- Các trường hợp cơ quan hải quan xác định số tiền thuế được miễn:

+ Tài sản di chuyển vượt định mức miễn thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định theo quy định tại khoản 2 Điều 7 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP;

+ Quà biếu, quà tặng vượt định mức miễn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 8 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP;

+ Hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng đề nghị miễn thuế sau khi làm thủ tục hải quan theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 20 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP;

+ Hàng hóa trong các trường hợp đặc biệt khác được miễn thuế theo thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ theo quy định tại khoản 1 Điều 28 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu căn cứ quyết định miễn thuế hoặc văn bản chấp thuận miễn thuế của cấp có thẩm quyền và các chứng từ kèm theo để xử lý miễn thuế.

- Các trường hợp người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được miễn: trừ các trường hợp cơ quan hải quan xác định số tiền thuế được miễn.

Cơ quan hải quan căn cứ tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và các chứng từ kèm theo để xử lý miễn thuế ngay trong thông quan theo nội dung khai báo của người nộp thuế.

8. Về hồ sơ giảm thuế (Điều 15)

Căn cứ quy định tại khoản 4 Điều 80 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết hồ sơ giảm thuế. Do đó, kể từ khi Thông tư có hiệu lực thi hành (ngày 08/3/2021) thì hồ sơ giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng giảm thuế quy định tại Điều 18 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 15 Thông tư, không áp dụng theo quy định tại khoản 2 Điều 32 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Hồ sơ đề nghị giảm thuế gồm công văn đề nghị giảm thuế theo Mẫu số 7 Phụ lục II Thông tư, đối với hồ sơ điện tử hoặc Mẫu số 15/TXNK Phụ lục I Thông tư, đối với hồ sơ bản giấy (hiện hành quy định Mẫu số 08 Phụ lục VII ban hành kèm Nghị định số 134/2016/NĐ-CP); các chứng từ, tài liệu theo quy định tại điểm b, điểm c, điểm d khoản 1 Điều 15 Thông tư.

Người nộp thuế gửi hồ sơ điện tử qua Hệ thống hoặc hồ sơ bản giấy đến cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan. Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ giảm thuế và các quy định có liên quan để ban hành quyết định giảm thuế.

9. Về hồ sơ xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (Điều 16)

Hồ sơ xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bao gồm:

- Công văn đề nghị xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của Cục Hải quan nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt hoặc của Chi cục Hải quan nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (đối với trường hợp thẩm quyền xóa nợ của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, đồng thời tại địa bàn tỉnh Cục Hải quan không đóng trụ sở chính) theo Mẫu số 16/TXNK Phụ lục I Thông tư: 01 bản chính;

- Các chứng từ tương ứng với các trường hợp được xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt quy định tại Điều 85 Luật Quản lý thuế: 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị xóa nợ thuế.

+ Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về tuyên bố phá sản doanh nghiệp đối với trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 85 Luật Quản lý thuế;

+ Giấy chứng tử, giấy báo tử hoặc Quyết định tuyên bố mất tích của Tòa án; Quyết định tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự của Tòa án hoặc các văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền chứng minh một người là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 85 Luật Quản lý thuế;

+ Thông báo của cơ quan có thẩm quyền về việc thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy phép thành lập và hoạt động, Giấy phép hành nghề đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 85 Luật Quản lý thuế;

+ Các Quyết định cưỡng chế hoặc hồ sơ thực hiện biện pháp cưỡng chế thi hành Quyết định hành chính về quản lý thuế đối với người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức (nếu có);

+ Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận cho các trường hợp bị ảnh hưởng do thiên tai, thảm họa, dịch bệnh quy định tại khoản 4 Điều 85 Luật Quản lý thuế.

II. Những nội dung được dẫn chiếu thực hiện theo quy định hiện hành

1. Về mẫu tờ khai hải quan, mẫu tờ khai hải quan bổ sung, nguyên tắc khai thuế trên tờ khai hải quan; khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thông qua hoạt động kinh doanh thương mại điện tử; các trường hợp hàng hóa không phải khai thuế theo từng lần phát sinh (Điều 3)

a) Về mẫu tờ khai hải quan, mẫu tờ khai hải quan bổ sung, nguyên tắc khai thuế trên tờ khai hải quan:

Thực hiện theo quy định tại khoản 5, khoản 9 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính.

b) Các trường hợp hàng hóa không phải khai thuế theo từng lần phát sinh quy định tại điểm c khoản 4 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP:

Thực hiện theo quy định tại Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính (thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần).

c) Khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thông qua hoạt động kinh doanh thương mại điện tử, kinh doanh trên nền tảng số và các dịch vụ khác được thực hiện bởi nhà cung cấp ở nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam quy định tại khoản 4 Điều 42 Luật Quản lý thuế:

Thực hiện như khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được quy định tại Điều 5 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 của Chính phủ, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 của Chính phủ, Thông tư số 38/2015/TT-BTC, Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

2. Về đồng tiền khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi (Điều 4)

Khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi quy định tại khoản 4 Điều 7 Luật Quản lý thuế được thực hiện như sau:

- Trường hợp khai thuế, nộp thuế xuất khẩu bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi đối với mặt hàng dầu thô, khí thiên nhiên xuất khẩu thực hiện theo quy định tại Thông tư số 36/2016/TT-BTC ngày 26/02/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy định về thuế đối với các tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu khí theo quy định của Luật Dầu khí.

- Trường hợp khai phí, nộp tiền phí hải quan bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi đối với chuyến bay của nước ngoài đến các Cảng hàng không Việt Nam thực hiện theo quy định tại Thông tư số 194/2016/TT-BTC ngày 08/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí hải quan và lệ phí ra, vào cảng hàng không, sân bay đối với chuyến bay của nước ngoài đến các cảng hàng không Việt Nam.

- Trường hợp người nộp thuế có nghĩa vụ khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi nhưng được phép nộp thuế bằng đồng Việt Nam, tỷ giá quy đổi từ ngoại tệ tự do chuyển đổi sang đồng Việt Nam thực hiện theo quy định tại Điều 86 Luật Hải quan năm 2014, khoản 3 Điều 21 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP, Điều 35 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

3. Về quản lý rủi ro trong quản lý thuế (Điều 6)

Quản lý rủi ro trong quản lý thuế, xây dựng, thu thập, xử lý, quản lý hệ thống thông tin người nộp thuế thực hiện theo quy định tại Luật Hải quan, Luật Quản lý thuế, các Nghị định hướng dẫn các Luật này, Thông tư số 81/2019/TT-BTC ngày 15/11/2019 của Bộ Tài chính quy định về quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan.

4. Về thời hạn chuyển tiền vào ngân sách nhà nước (Điều 8)

Thời hạn chuyển tiền vào ngân sách nhà nước đối với trường hợp thu thuế bằng tiền mặt tại vùng sâu, vùng xa, hải đảo, vùng đi lại khó khăn quy định tại khoản 4 Điều 56 Luật Quản lý thuế là 03 ngày làm việc theo quy định tại khoản 3 Điều 21 Thông tư số 184/2015/TT-BTC ngày 17/11/2015 của Bộ Tài chính quy định thủ tục về kê khai, bảo lãnh tiền thuế, thu nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, tiền phí, lệ phí, các khoản thu khác, đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh và phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh.

5. Về thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (Điều 10)

a) Thẩm quyền xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

- Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan, Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu đối với trường hợp ban hành quyết định ấn định thuế, quyết định xử phạt.

- Chi cục trưởng Chi cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan nơi có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu ngân sách khác người nộp thuế đã nộp lớn hơn số tiền phải nộp.

- Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền, bản án, quyết định của Tòa án.

b) Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 131 quy định tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

6. Về mẫu biểu thanh tra, kiểm tra thuế, trình tự, thủ tục, hồ sơ kiểm tra thuế (Điều 17)

a) Mẫu biểu thanh tra thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 05/2014/TT-TTCP ngày 16/10/2014 của Thanh tra Chính phủ quy định về tổ chức, hoạt động, quan hệ công tác của Đoàn thanh tra và trình tự, thủ tục tiến hành một cuộc thanh tra, Thông tư số 08/2015/TT-TTCP ngày 15/12/2015 của Thanh tra Chính phủ quy định về Sổ nhật ký đoàn thanh tra, Thông tư số 03/2013/TT-TTCP ngày 10/6/2013 của Thanh tra Chính phủ quy định chế độ báo cáo công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.

b) Mẫu biểu kiểm tra thuế, hồ sơ, trình tự, thủ tục kiểm tra thuế:

b.1) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế trong thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế:

- Mẫu biểu, hồ sơ kiểm tra thuế là mẫu biểu, hồ sơ hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan.

- Thủ tục kiểm tra thuế:

+ Người nộp thuế tự kê khai, tự tính thuế, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về số tiền thuế phải nộp theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 42 Luật Quản lý thuế.

+ Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra: hồ sơ hải quan, chính sách thuế, tên hàng, mã số, số lượng, trọng lượng, khối lượng, chủng loại, chất lượng, xuất xứ, trị giá hải quan của hàng hóa; kiểm tra việc áp dụng văn bản thông báo kết quả xác định trước, kiểm tra giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành (nếu có); kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan. Quy định này không áp dụng đối với các trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn kiểm tra hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan.

b.2) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế trong thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng chịu thuế:

- Mẫu biểu, hồ sơ kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC, Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

- Thủ tục kiểm tra thuế:

+ Người nộp thuế tự kê khai, tự xác định hàng hóa không thuộc đối tượng chịu thuế, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung kê khai theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 42 Luật Quản lý thuế.

+ Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra: Hồ sơ hải quan, chính sách thuế, giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có), kết quả kiểm tra chuyên ngành (nếu có), kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan.

b.3) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế:

- Mẫu biểu, hồ sơ kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại Điều 14 Thông tư.

- Thủ tục kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

b.4) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng giảm thuế:

- Mẫu biểu, hồ sơ kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 15 Thông tư.

- Thủ tục kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 32 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

b.5) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế:

- Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 12 Thông tư.

- Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư.

b.6) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế đối với trường hợp xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

- Mẫu biểu, hồ sơ kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 131 quy định tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

- Thủ tục kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 131 quy định tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

b.7) Mẫu biểu, hồ sơ, thủ tục kiểm tra thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong hoạt động kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định tại khoản 73, khoản 74 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

7. Về nộp dần tiền thuế nợ (Điều 18)

Số lần nộp dần tiền thuế nợ, hồ sơ, thủ tục nộp dần tiền thuế nợ được thực hiện theo quy định tại khoản 67 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

8. Về ủy nhiệm thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa phương tiện quá cảnh (Điều 19)

Ủy nhiệm thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa phương tiện quá cảnh thực hiện theo quy định tại Thông tư số 274/2016/TT-BTC ngày 14/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan, lệ phí hàng hóa phương tiện quá cảnh.

III. Một số lưu ý trong quá trình thực hiện

1. Theo quy định tại khoản 2 Điều 20 Thông tư thì kể từ ngày Thông tư có hiệu lực thi hành (ngày 08/3/2021), các quy định và mẫu biểu dưới đây hết hiệu lực thi hành:

a) Các quy định hết hiệu lực thi hành:

- Khoản 2, khoản 3, khoản 4, khoản 7, khoản 9 Điều 129 được quy định tại khoản 63 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC;

- Khoản 1 Điều 131 được quy định tại khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC;

- Điều 133 được quy định tại khoản 66 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC;

- Khoản 2 Điều 135 được quy định tại khoản 68 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC;

- Khoản 3 Điều 136 được quy định tại khoản 69 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.

b) Các mẫu biểu hết hiệu lực thi hành:

- Mẫu số 05/CVĐNKTT/TXNK, mẫu số 10/QĐKTT/TXNK, mẫu số 11/TBBSHS/TXNK, mẫu số 12/TBKTT/TXNK, mẫu số 18/BBLV/TXNK, mẫu số 22/QĐKT/TXNK, mẫu số 23/BBCB/TXNK, mẫu số 24/BBKT/TXNK, mẫu số 25/QĐGH/TXNK, mẫu số 26/KLKT/TXNK, mẫu số 29/TBTCNCT/TXNK, mẫu số 32/CVGHNT/TXNK, mẫu số 33/CVXN/TXNK Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC;

- Mẫu số 01, Mẫu số 02 Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

2. Không áp dụng một số mẫu biểu quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định, do đó thực hiện theo quy định tại Thông tư số 06/2021/TT-BTC):

- Mẫu số 08 Phụ lục VII ban hành kèm Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (thay thế bằng Mẫu số 15/TXNK Phụ lục I Thông tư);

- Mẫu số 09 Phụ lục VII ban hành kèm Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (thay thế bằng Mẫu số 03/TXNK Phụ lục I Thông tư).

3. Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 14, Điều 15 Thông tư, không áp dụng theo quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.